Film, gizemli bir Kündekâri bulmacasını çözünce açılan zaman tüneliyle Mevlânâ Celâleddîn-i Rûmî’nin çocukluk çağına savrulan bir grup arkadaşın, farklı diyarlara dağılan ekiplerini toplayıp kendi zamanlarına dönmek için verdikleri mücadeleyi konu ediniyor. Emiray: Macera Yolcusu, kütüphanede oyun oynayan bir grup çocuğun kendilerine ulaşan bir kargo içindeki Kündekâri bulmacasını birleştirmesiyle başlayan olayları konu alır. Bulmacanın tamamlanmasıyla açılan zaman tüneli, arkadaş grubunu farklı yerlere dağıtır. Emiray, Karaca ve Fatma devlerin bulunduğu ormanlık bir alana geçerken; Zekai ve Ruhi ozanların yer aldığı çöldeki bir kervan yolculuğuna dahil olur. Mevlânâ Celâleddîn-i Rûmî’nin çocukluk döneminde geçen bu süreçte farklı mekanlara savrulan çocuklar, bulundukları boyuttaki işleyişi anlayıp bulmacanın döngüsünü çözerek kendi dönemlerine geri dönmeye çalışırlar.