Film, Johnny Cage’in de aralarına katılmasıyla bu kez Dünya Âlemi’nin, varlığını tehdit eden Shao Kahn ile kuralsız ve kanlı bir savaşta karşı karşıya gelmesini konu ediniyor. Earthrealm’i tehdit eden güçler yeniden harekete geçerken, savaş artık daha büyük bir ölçeğe taşınır. Outworld ile Earthrealm arasındaki dengeyi belirleyecek olan Mortal Kombat turnuvası kaçınılmaz hâle gelir. Cole Young ve müttefikleri, bu kez doğrudan turnuvaya katılarak karşılarına çıkan güçlü rakiplerle mücadele etmek zorunda kalır. Farklı dünyalardan gelen savaşçılar arasındaki karşılaşmalar, yalnızca bireysel güçleri değil, evrenler arasındaki kaderi de belirleyecek bir noktaya ulaşır.